中国科学院南京地质古生物研究所成立于1951年，其前身为前中央研究院地质研究所及前中央地质调查所等机构的古生物室(组)，目前是我国唯一专门从事古生物学(古无脊椎动物学与古植物学)和地层学研究的专业机构。 著名地质古生物学家、中国科学院副院长李四光教授为首任所长（兼），此后斯行健院士、赵金科院士、吴望始研究员、曹瑞骥研究员、穆西南研究员、沙金庚研究员、杨群研究员、詹仁斌研究员先后任所长，现任所长王军研究员。
欢迎社会各界朋友、学术界同仁和古生物爱好者访问本所网站！ 本所拥有一大批专业人才，其中14位科学家先后当选为中国科学院院士，众多专家在国际学术组织中担任主席、副主席、选举委员和通讯委员等职。
古生物学与油气地层应用全国重点实验室
古植物学与孢粉学研究室
古无脊椎动物学研究室
微体古生物学研究室
新生代生物演化与环境研究室
澄江古生物研究站
周志炎院士
戎嘉余院士
陈旭院士
截至2025年1月，本所共有在编职工187人，中国科学院院士3人。研究所目前有5位学者获得国家自然科学基金委“杰出青年基金”资助，4位学者获得“优秀青年基金”资助，6位学者入选国家高层次人才计划。本所李四光、斯行健、赵金科、穆恩之、王钰、卢衍豪、李星学、顾知微、盛金章、周志炎、戎嘉余、金玉玕、陈旭和沈树忠等14位科学家先后当选为中国科学院院士。
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“氧气为王”——三叶虫体型大小演化的“密码”
最古老层孔海绵化石“现身”
南京古生物所已有23名青年科技人才先后入选青促会：王博（2011）、徐洪河（2013）、赵方臣（2014）、刘锋（2015）、张以春（2016）、张华侨（2016）、史恭乐（2017）、殷宗军（2017）、王伟（女）（2018）、郄文昆（2018）、蔡晨阳（2018）、吴荣昌（2019）、王亚琼（2019）、李启剑（2019）、王光旭（2020）、万明礼（2020）、季承（2020）、梁艳（2021）、庞科（2021）、卢建峰（2021）、李莎（2022）、要乐（2022）、周卫明（2022）。
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